?

Log in

Из книги "Индустрия человека". От автора - авторское слово из книги.
Создавая немыслимое: российская DARPA - о том, что создавая действительно нужные вещи необходимо из разу в раз не унывать, а верить в светлое будущее.
Воля и мужество в технологических прорывах будущего - это очень важно, и от этого зависит всё.
Неудержимый рост: система оборонных исследований США - статья, с которой начался проект Defense Network.
Регенеративная медицина: перспективы развития в России - в ближайшее время человечество получит возможность восстанавливать и полностью воссоздавать целые органы человеческого тела. С помощью технологий регенеративной медицины уже сейчас можно создать такие органы и ткани как мочевой пузырь, кровеносные сосуды, трахею и уретру.
Инфраструктура проекта "Индустрия человека" - это мечта. Но чтобы она стала доступной к пониманию и дальнейшему развитию, она должна быть реализована в виде понятных подавляющему большинству граждан государственных и общественных институтов, форм и реализаций инфраструктуры.
Defense Research: оборонные исследования в XXI веке - эволюция ядра оборонных исследований из XX в XXI век.


Остальные записиCollapse )

28 сентября завершился финал 12-х ежегодных Международных соревнований по генной инженерии IGEM-2015. В чемпионате принимали участие более 280 команд из 39 стран мира - всего более 2700 человек. Проекты участников оценивались по критериям наличия работоспособного прототипа, добавление или улучшение какого-либо модуля из каталога BioBrick (http://parts.igem.org/Main_Page), оказание действенной помощи какой-либо другой команде-участнице.

Номинаций финалистов было довольно много - это и специализированное программное обеспечение, проекты в области промышленного производства, питания, образования, здравоохранения, защиты окружающей среды, и т.д.


           Рассмотрим подробнее биомедицинские проекты соревнований.

Победителями в номинации “Медицина и здравоохранение” стали 2 проекта - BGU_Israel из Университета Бен-Гуриона, Израиль (участники старше 23-х лет) и Czech_Republic из Университета Западной Богемии, Чехия (участники моложе 23-х лет).

Проект команды BGU_Israel посвящен разработке системы для выявления и уничтожения раковых клеток. Разработанная командой система “Бумеранг” предусматривает реагирование на два соединения, специфичных для раковых клеток, - белка сурвинин (его наличие в клетке запускает транскрипцию специфичной gРНК), и фермента теломеразы (наличие в клетке запускает транскрипцию комплекса Cas9). В зависимости от gРНК данная система может сигнализировать об обнаружении раковой клетки путем экспрессии флуоресцентных белков, или выделять в биологические жидкости специфичные маркеры, или же - нарушать деление раковой клетки и запускать ее самоубийство (апоптоз). Наличие одновременно двух необходимых для запуска системы факторов не позволит ей стартовать и уничтожать здоровые клетки. В качестве вектора доставки в проекте использовался аденоассоциированный вирус (AAV). Собственно, вирусологическая часть в проекте проработана слабее, и для какого-то (в теории) практического использования ребятам еще предстоит поработать с белками вирусного капсида и системой репликации. Команда BGU_Israel приводит ссылки на разработанный препарат Glybera http://www.ema.europa.eu/ema/index.jsp?curl=pages/medicines/human/medicines/002145/human_med_001480.jsp&mid=WC0b01ac058001d124, однако именно этот препарат использует природную тропность AAV к мышечным клеткам. В общем, с решением вопросов доставки и персонализации придется over 90% всей работы в будущем.

Проект команды Czech_Republic посвящен разработке репортерной системы для выявления циркулирующих опухолевых клеток в крови. Проблема с ЦОК в том, что их очень мало, окрасить и выявить их необычайно сложно даже в случае, если знать о каком типе онкологии идет речь ввиду сложных комбинаций поверхностных маркеров. Команда проекта IOD использовала оригинальную систему на основе межклеточной коммуникации дрожжей в пробирке. Наличие определенных рецепторов или трансмембранных белков на поверхности ЦОК запускает в модифицированных дрожжах экспрессию феромонов, заставляющих в процессе гаплоидного спаривания другие дрожжи разрастаться в направлении источника. В результате образовавшийся комочек дрожжей вокруг ЦОК становится видно даже невооруженным глазом, а дрожжевой фенотип позволяет идентифицировать, о какой онкологии может идти речь. Собственно, практическое использование элемента межклеточной коммуникации и определило победу команды.

Среди других команд-номинантов нужно отметить ETH_Zurich (система обнаружения ЦОК с помощью генноинженерных бактерий, реагирующих на повышенной продукцией лактата), Freiburg (система выявления антител в плазме крови человека), Stockholm (химерные бактериальные рецепторы для обнаружения биомаркеров онкологических заболеваний), Edinburgh (биосенсоры на основе иммобилизированных на бумаге ферментах), Peking (репортерная система на основе dCas9 для выявления патогенной ДНК оптическим детектором), Oxford (генноинженерные бактерии, выделяющие ферменты для разрушения биопленок), NJU-China (миРНК-терапия опиоидной зависимости, при этом для преодоления гематоэнцефалического барьера доставка осуществляется в RVG-ориентированных экзосомах).

Slideshare

Новые материалы по теме биотехнологий, DARPA, и разные интересные вещи - всегда загружаются на аккаунт в slideshare http://www.slideshare.net/defensenetwork

Tags:

Аккаунт в Facebook

Записи в этом журнале появляются в последнее время несколько нерегулярно.
Следить за последними новостями можно, подписавшись на мой аккаунт в Facebook https://www.facebook.com/ilya.klabukov

Три последних события из мира синтетической биологии, о которых нужно знать

Использование методов синтетической биологии позволило исследователям создать множество интересных штук - от новых вкусов и ароматов до новых видов биотоплива и материалов. Инновационный потенциал таких подходов неоспорим, но насколько сложно будет спроектировать и создать инженерные биологические системы - настоящие биофабрики, которые были бы экономически эффективны в промышленных масштабах?
Об этом - три события за последние 3 месяца.

1. Каталог инновационных продуктов синтетической биологии
29 апреля 2015 г. Центр Уилсона в Вашингтоне представил проект каталога разработок и продуктов синтетической биологии (http://www.synbioproject.org/cpi/). В нем собираются данные по продуктам синтетической биологии (как существующим, так и тем что в процессе разработки) для использования в сельском хозяйстве, химической промышленности, производстве товаров массвого спроса, медицине, и даже разработке программного обеспечения. Сведения собраны по продуктам, рынкам, компаниям и странам. Пока данные есть лишь по восьми странам - США, Великобритания, Дания, Франция, Норвегия, Нидерланды, и даже Индия (с единственным проектом по производству миндальной кислоты в кишечной палочке).

2. Инициатива по разработке отраслевых стандартов
31 марта 2015 г. Национальный институт стандартов и технологий США (из которого вышло немало будущих менеджеров программ DARPA, в том числе нынешний директор агентства) провел в Стэнфорде рабочую группу по созданию Консорциума стандартов для синтетической биологии. https://sites.stanford.edu/abms/sites/default/files/SBSCAgenda%20final.pdf  Появление отраслевых стандартов может иметь огромное значение для индустрии синтетической биологии, которая все еще находится в зачаточном состоянии. Отраслевые стандарты являются краеугольным камнем любой индустрии. Участие в этой работе таких крупных компаний, как Dow, DuPont, Lockheed Martin и Novartis - является (для американского сообщества ‪#‎synbio‬) позитивной новостью. Вместе американские компании из области химической промышленности, информационных технологий, оборонно-промышленного комплекса и фарминдустрии смогут разработать общие стандарты для "автоматизации методов, высокоуровнего описания, сборки из отдельных компонентов, и документирования процессов разработки бактериальных штаммов".

3. Вступление в игру инновационных монстров, таких как DARPA
В действительности DARPA формально начала работу в области синтетической биологии еще в 2003 году. Именно тогда в рамках консультативной исследовательской группы информационных технологий зародилась маленькая сепаратисткая подгруппа по синтетической биологии профессора Дрю Энди. Спустя пару лет консультаций DARPA (по-видимому - безуспешных) он представит свое видение концепта новейших биологических методов (которые отличались на тот момент от традиционной в генной инженерии цепочки "синтеза-клонирования-трансфекции") в своей работе "Foundations for engineering biology" (Nature, 2005). Этот концепт в течение 6 лет будет додумываться и наконец представлен в виде программы под названием "Живые фабрики".




    В нынешнем же году DARPA идет даже дальше, организуя серию из несвойственного ранее агентству формата массовых мероприятий под названием "Биология - это технология", первое из которых прошло 11-12 февраля в Сан-Франциско (http://darpabit.sainc.com/sf_bit.html). На YouTube даже можно посмотреть трансляцию всех прошедших на нем выступлений (https://www.youtube.com/watch?v=5mttGVqO7ho&feature=youtu.be&t=31).

    ‪#‎DARPABiT‬

    Меньше недели осталось до начала двухдневной конференции "Биология - Это Технология" (http://darpabit.sainc.com/), которую проводит DARPA в Нью-Йорке. В основном в целях всестороннего обсуждения вопросов скорейшего создания инструментов автоматизированного проектирования живых машин и использования их большими корпорациями.

    Мероприятие - "только по приглашениям", поэтому интересно посмотреть на список прошедших отбор. Из общего списка в 120 человек, конечно же, много из университетов и медицинских центров, национальных лабораторий, DARPA и ее seta-подрядчиков. Стартапы, венчурные фонды, немного футурологов.

    Из примечательного - главный ученый Notrhrop Grumman (системы биодетекции, именно их бизнес-модель сейчас пытается скопировать наше ОАО "РТИ"), аж два представителя руководства фонда высокочастотной торговли на фондовом рынке Two Sigma, директор по технологиям Microsoft, директор по программам в области прикладной математики Национального научного фонда (финансирование программ по инициативе BRAIN), директор по глобальным технологиям General Electric, само собой - Autodesk (именно они должны создать чудо-CAD проектирования живых существ), менеджер программ IARPA, партнер Google Ventures, доцент Гарвардской школы бизнеса, руководитель группы разработки технологий РНК-интерференции из Monsanto.

    В целом мероприятие охватит промышленные технологии производства, медицинские технологии, технологии безопасности, и нейротехнологии.

    Давное нужно было сделать что-то с диссертацией Тэмми Карлтон, но все что-то тянули...

    Неукротимое технологическое предвидение [пока черновик]
    Данная книга основана на диссертационной работе Тэмми Карлтон «Значение предвидения в радикальных технологических новшествах» о секретах успеха американского Агентстве передовых оборонных исследовательских проектов (DARPA). Так, одним из таких «секретов» является уникальная компетенция сотрудников агентства. Это способность полностью, в мельчайших деталях представлять себе научно-технический облик исследовательской программы, «технологическое предвидение».
    Работа будет полезна людям, которые хотели бы вникнуть в проблематику создания национальных организаций передовых исследований. Особенную актуальность она приобретает в связи с ростом попыток создания организаций, претендующих на создание радикальных технологических новшеств.
    Книга предназначена для исследователей, практиков, студентов и аспирантов как естественно-научных вузов (МФТИ, МИФИ, МГУ), так и академий государственного управления (РАГСиНХ, ГУ-ВШЭ).

    Tags:

    По следам работы группы геномики и синтетической биологии ‪#‎synbio‬ вспомнил школьный сборник задач по физике, предисловие к которому открывалось словами: "Сказки помогают детям познать мир взрослых, задачи же служат аналогичной цели при знакомстве студента с физикой..." http://ikfia.ysn.ru/images/doc/Obshaya_fizika/KozelRashbaSlavatinskij1978ru.pdf

    Поскольку часто получается так, что "задача решена в тот момент, когда она поставлена", то постарался собрать многие обсуждаемые нами идеи в форме задач "на подумать".
    Какие биологические задачи могли бы расширить горизонты как инженера-конструктора, так и бюрократа-чиновника, или может быть даже молекулярного биолога?


    Одним из величайших сборников задач по молекулярной биологии является Molecular Biology of the Cell 6E - The Problems Book [John Wilson, Tim Hunt] (2014 г.), первое издание которой увидело свет в 1989 году. Шестое издание сборника задач было существенно переработано, добавлены новые задачи и даже главы, а иллюстрации стали цветными. Сами задачи, без решений можно скачать по ссылкам:
    1. https://www.dropbox.com/s/4iswqp291kjys28/MBC%20Problems%20Book%2001-11.pdf?dl=0 (главы 1-11) - осторожно, 240 МБ!
    2. https://www.dropbox.com/s/c7cghnldyxd9zjd/MBC%20Problems%20Book%2012-20.pdf?dl=0 (главы 12-20) - осторожно, 190 МБ!

    А также на русском языке: Дж.Уилсон, Т.Хант "Молекулярная биология клетки. Сборник задач" (главы 5-14) (1994 г.)
    https://www.dropbox.com/s/p5aupprw88vdrkv/Uilson_Khant_Molekulyarnaya_biologia_kletki_Sbo.djvu?dl=0
    Верхний пост. Здесь будем публиковать актуальные конкурсы и гранты, подача заявок на которые открыта для российских научных организаций и исследователей.

    0. Огромный перечень доступных для молодых ученых конкурсов и грантов на сайте Фонда УМА http://funduma.ru/young-scientists/grants/
    I. Основные государственные программы поддержки научных исследований:
    1.1. ФЦП "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" - www.kadryedu.ru и www.fcpk.ru
    1.2. «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы» - http://www.fcpir.ru/catalog.aspx?CatalogId=1051
     1.3. Российский фонд фундаментальных исследований - http://www.rfbr.ru/rffi/ru/
    1.4. Конкурсы грантов 2012 года. - www.rsci.ru/grants/grant_news/284/230058.php

    Ленты новостей по НИР и грантам
    1. Постоянно обновляемый перечень конкурсов, грантов и стипендий на RSCI - http://www.rsci.ru/grants/grant_news/
     2. Процедура оформления заявки на конкурсы НИР - http://www.miptic.ru/nir/procedureNIR.html
    3. Список конкурсов, актуальных на 23 МАРТА 2012 - http://miptic.ru/nir/list.html
    4. Гранты и стипендии для студентов. Март - апрель 2012 года - http://www.rsci.ru/innovations/grants_for_students/231809.php
    Гранты Президента РФ 2012 года для поддержки молодых ученых - кандидатов и докторов наук

    2012 год. Президентские гранты для НКО в 2012 году (можно подать на научные проекты, в том числе исследовательские в области гуманитарных наук, сетевых моделей экономики, социальных сетей):

    Фонд "Государственный клуб" - http://www.gosclub.ru/news/news/616/
    Институт проблем гражданского общества - http://www.inpgo.ru/495/
    Институт общественного проектирования - http://www.inop.ru/
    Национальный благотворительный фонд - http://nbfond.ru/
    Лига здоровья нации - http://www.ligazn.ru/



    В начале февраля 2015 года опубликован очередной годовой бюджет агентства DARPA на 2016 год. По сравнению с прошлым годом он увеличен на 2% — до 2 миллиардов 972 миллионов долларов. Стоит отметить существенное увеличение статей прикладных исследований. Причем в прошлом году Конгрессом дополнительно было выделено 45 миллионов долларов на прикладные биомедицинские технологии – это единственная корректировка бюджета агентства за прошлый год (средства пошли на разработку технологий получения новых рекомбинантных антител против лихорадки Эбола).

    Подробнее:
    http://d-russia.ru/darpa-2016-na-zare-biologicheskogo-interneta.html

    Profile

    Klabukov
    defense_network
    Исследовательское сообщество
    Проект Defense Network

    Latest Month

    October 2015
    S M T W T F S
        123
    45678910
    11121314151617
    18192021222324
    25262728293031

    Tags

    Syndicate

    RSS Atom
    Powered by LiveJournal.com
    Designed by Lilia Ahner